Omikron-variant syntes först i avloppsvatten i Malmö och Kalmar
Analyser av SARS-CoV2 i avloppsvatten från Kalmar, Uppsala, Örebro och Umeå visade för ett par veckor sedan att varianten omikron hade konkurrerat ut delta redan i början av januari 2022.
Forskarna, som kommer från SLU och KTH, har nu tillsammans med SciLifeLab, gjort en ännu djupare analys av avloppsprover från Kalmar, Uppsala, Örebro, Umeå, Stockholm och Malmö från vecka 49 till vecka 2. Med metoden ”storskalig gensekvensering”, kan man också se förekomsten av olika varianter av omikron. Den nya analysen bekräftade att omikron (BA.1) på tre till fyra veckor tog över helt på i princip alla orter.
– Då tittar man på alla mutationer i hela viruset, och inte bara 1–3 stycken som med den enklare metod vi använder normalt. Vi får alltså fram mycket mer information, säger Maja Malmberg, SLU-forskare vid SEEC i ett pressmeddelande.
Den nya analysen visar hur omikronvarianten BA.2, som nyligen har blivit dominerande i Danmark, spred sig i Sverige under de första veckorna i januari 2022. Det första spåret av BA.2 i avloppsvatten kom vecka 1 i Malmö, och under vecka 2 bestod cirka hälften av virusmängden i Malmö av den varianten. Men även i Kalmar hade BA.2 blivit ganska vanlig (cirka 20 procent) under vecka 2. I de övriga städerna fanns tecken på BA.2 i avloppsvattnet från vecka 2, men då var de fortfarande på låga nivåer.
När det gäller förekomsten av SARS-CoV2 generellt i avloppsvattnet ser forskarna att det handlar om mycket höga nivåer vid de senaste analyserna under vecka 4. På många platser var det de högsta nivåerna som de har uppmätt och i Kalmar ökade nivåerna vid senaste mätningen.
